Perang telah menghancurkan Jepang hingga nol, dan Godzilla menjerumuskannya ke dalam jurang yang lebih dalam. Dua tahun telah berlalu sejak itu, dan negara tersebut telah menghadapi perjuangan yang menyakitkan untuk mencapai pemulihan dan akhirnya mendapatkan kembali kehidupan sehari-harinya. Tepat ketika umat manusia berhasil mempertahankan perdamaian yang diraih dengan susah payah, ancaman baru muncul, menghancurkan harapan dalam sekejap. Tidak ada kesempatan ketiga. Semuanya berakhir di sini.